Voici le palmarès complet du festival d'Annecy 2006 :

Courts métrages
- Cristal d'Annecy : "Histoire tragique avec fin heureuse" (France)
- Mention spéciale : "Rabbit" (Royaume-Uni)
- Prix du Jury Junior : "One D" (Canada)
- Prix du public : "Dreams and Desires - Family Ties" (Royaume-Uni)
- Prix FIPRESCI : "Dreams and Desires - Family Ties" (Royaume-Uni)
- Prix Jean-Luc Xiberras de la première oeuvre : "Delivery" (Allemagne)
- Prix spécial du jury : "Dreams and Desires - Family Ties" (Royaume-Uni)
- Prix TPS Cineculte : "Histoire tragique avec fin heureuse" (France)
- Prix Unicef : "Cherno na byalo" (Bulgarie)

Longs métrages
- Cristal du long métrage : "Renaissance" (France)

Séries TV
- Cristal : "Pocoyo - A Little Something Between Friends" (Espagne)
- Prix spécial : "Zombie Hotel - First Day" (France)

Spéciaux TV
- "Petit Wang" (France)

Films éducatifs, scientifiques ou d'entreprise
- "The Birds & The Bees - A Secret You Shouldn't Keep" (Corée-du-Sud)

Films publicitaires ou promotionnels
- "Médecins sans frontières - Human Ball" (Belgique)

Vidéoclips
- "Thomas Fersen - Hyacinthe" (France)

Film de fin d'études
- Mention spéciale "Abigail" (Royaume-Uni)
- Prix du Jury Junior : "Ego" (France)
- Prix du meilleur film de fin d'études : "Astronauts" (Royaume-Uni)
- Prix spécial du jury : "Walking in the Rainy Day" (Corée-du-Sud)

edit 11/06
Séries pour l'internet :
- "Unlucky in Love" (Australie)